הרמב"ם (ספר המצוות מצוות עשה כ) כתב שהמקור למצוות בנין בית המקדש הוא הפסוק האמור בתחילת פרשת תרומה "ועשו לי מקדש". אם כי, מבחינת פשוטי המקראות, הציווי שם עוסק דווקא בבניית המשכן. כך כתב גם ספר החינוך (מצווה צה) ובפשטות, כך מורים גם דברי הרמב"ן, שעוד נדבר עליהם בהמשך.
אם הפסוק העוסק בציווי על בניית המקדש הוא הפסוק של "ועשו לי מקדש", הרי שלכאורה יש לומר, שטעמו של הציווי מטרתו, מובאים בסיפא של אותו הפסוק "ושכנתי בתוכם". כלומר, בניית המקדש נועדה כדי שהקב"ה ישכון בתוך בני ישראל.
בדרך זו הלך הרמב"ן. הרמב"ן, בהקדמתו לפרשת תרומה, מסביר את מטרת בניית המשכן:
והנה עיקר החפץ במשכן הוא מקום מנוחת השכינה שהוא הארון, כמו שאמר ונועדתי לך שם ודברתי אתך מעל הכפרת, על כן הקדים הארון והכפרת בכאן כי הוא מוקדם במעלה,…
כלומר, מטרת בניית המשכן היא השראת השכינה על הארון. כל שאר המשכן, הוא רק אמצעי להשראת השכינה.
בהמשך דבריו, הרמב"ן כותב הסבר שאולי הוא הסבר נוסף, ואולי הוא עומק ההסבר הראשון, על דרך הסוד:
וסוד המשכן הוא שיהיה הכבוד אשר שכן על הר סיני, שוכן עליו בנסתר… והיה במשכן תמיד עם ישראל הכבוד שנראה להם בהר סיני, ובבוא משה היה אליו הדיבור אשר נדבר לו בהר סיני…
כלומר, תכלית השראת השכינה, ואולי מהותה של השראת השכינה, הוא לאפשר את המשך מעמד הר סיני. לאפשר את המשך מתן תורה.
הכוזרי כותב (מאמר שלישי אות לט), שסנהדרין היושבת בלשכת הגזית שבמקדש יכולה לתקן מצוות חדשות, כדוגמת פורים, נר חנוכה והלל. ועל תקנותיה אלו של הסנהדרין מברכים 'אשר קדשנו במצוותיו'. לעומת זאת, על תקנות שנתקנו לאחר מכן, בגלות, אין מברכים 'אשר קדשנו במצוותיו', כי הן אינן מצוות. מצוות יכולות להינתן רק בסיני, או בלשכת הגזית. דברים אלו מבוססים על הרעיון של הרמב"ן.
אמנם, מדברי הרמב"ם נראית גישה שונה. בספר המצוות (שם) כתב הרמב"ם:
שצונו לבנות בית הבחירה לעבודה, בו יהיה ההקרבה והבערת האש תמיד, ואליו תהיה ההליכה והעליה לרגל והקבוץ בכל שנה והוא אמרו ית' ועשו לי מקדש
כלומר, מטרתו של המקדש אינה השראת השכינה, אלא מקום לעבודת ה', וכן כתב גם ספר החינוך.
המחלוקת שבין הרמב"ם לרמב"ן בעניין זה באה לידי ביטוי בחשבון המצוות. הרמב"ם מנסח כמה עקרונות (-שורשים, בלשונו) בשאלה כיצד למנות את המצות. ובשורש השנים עשר כתב הרמב"ם:
שאין ראוי למנות חלקי המלאכה מהמלאכות שבא הצווי בעשייתם כל חלק וחלק בפני עצמו…
כלומר, לא מונים כל חלק וחלק מחלקי המצווה, כמצווה בפני עצמה. אחת הדוגמאות שנותן הרמב"ם לעקרון הזה היא ביחס למקדש:
כמו ועשו לי מקדש שזה מצות עשה אחת מכל המצות והוא שיהיה לנו בית מוכן ויבא אליו ויחנו בו ובו תהיה ההקרבה ובו יהיה הקבוץ במועדים ואחר כך בא לתאר חלקיו ואיך יעשה ואין ראוי שימנה כל מה שאמר בו ועשית מצוה בפני עצמה.
אין מצווה נפרדת לבנין הארון, ולא לבניית המנורה או השולחן. כולן חלק ממצוות המקדש.
הרמב"ן (בהשגותיו למנין המצוות של הרמב"ם, מצוות עשה לג) חלק עליו:
ולא הוכשר בעיני הטעם שכתב בו הרב שאמר "שהם חלקים מחלקי המקדש", לפי שאין הכלים מן הבית אבל הם שתים מצות ואינם מעכבות זו את זו, ומקריבן בבית אע"פ שאין בו כלים אלו. ולכן אצלי עשיית הארון והכפרת לשום שם העדות תמנה מצוה בפני עצמה…
הרי שלדעת הרמב"ן, המקדש וכליו הם שתי מצוות נפרדות. המקדש נועד להשראת שכינה, וכלי המקדש, לעבודת המקדש.
אין כאן המקום להרחיב, אבל נראה שהסיבה שהרמב"ם חשב שמצוות בנין בית המקדש אינה קשורה דווקא להשראת שכינה היא, שלדעת הרמב"ם, השראת השכינה היא דווקא במקום מנוחתו הסופי של בית המקדש – בהר הבית. חיוב זה מתואר במקום אחר "לשכנו תדרשו ובאת שמה" (ראו הלכות מלכים א, א). ועל כן, כל זמן שהמשכן היה בנדודים – במדבר, בשילה, בנב ובגבעון, לא התקיימה המצווה של 'לשכנו תדרשו', אבל כן היתה קיימת המצווה לבנות את בית המקדש. אם כן, תכלית בית המקדש אינה השראת השכינה, אלא העבודה בו.
ויהי רצון שנזכה שיבנה בית המקדש במהרה בימינו.