בספר החינוך (מצווה שו) כתב, שמטרתה של הספירה היא ההכנה למתן תורה:

משרשי המצוה על צד הפשט, לפי שכל עיקרן של ישראל אינו אלא התורה… והיא העיקר והסיבה שנגאלו ויצאו ממצרים כדי שיקבלו התורה בסיני ויקיימוה… ומפני כן… נצטוינו למנות ממחרת יום טוב של פסח עד יום נתינת התורה, להראות בנפשנו החפץ הגדול אל היום הנכבד הנכסף ללבנו… כי המנין מראה לאדם כי כל ישעו וכל חפצו להגיע אל הזמן ההוא.

וזהו שאנו מונין לעומר, כלומר כך וכך ימים עברו מן המנין, ואין אנו מונין כך וכך ימים יש לנו לזמן, כי כל זה מראה בנו הרצון החזק להגיע אל הזמן, ועל כן לא נרצה להזכיר בתחילת חשבוננו ריבוי הימים שיש לנו להגיע לקרבן שתי הלחם של עצרת.

כיוצא בדברים אלו כתב גם הרמב"ם (מורה נבוכים חלק ג פרק מג):

ושבועות, הוא יום מתן תורה. ולהגדיל היום ההוא נמנו הימים מן המועד הראשון אליו, כמי שממתין בו הנאמן שבאוהביו ושהוא מונה יום וגם השעות, וזאת היא סבת ספירת העומר מיום צאתנו ממצרים עד יום מתן תורה.

כפי שספר החינוך מציין בעצמו, פחות ברור לפי הסבר זה מדוע מנין הימים מתחיל מאחד. היה לכאורה ראוי יותר להתחיל מחמישים ולספור לאחור. עוד יש לציין, שעצם החיבור בין חג השבועות ובין מתן תורה אינו מופיע בפשט הפסוקים. אמנם, חז"ל מקשרים בין שני אלו, ואנו גם אומרים בחג השבועות בתפילה 'זמן מתן תורתנו', אולם, בפשוטי המקראות הקישור הזה אינו נזכר.

הגמרא במסכת מנחות (סו.) אומרת:

גופא אמר אביי מצוה למימני יומי ומצוה למימני שבועי רבנן דבי רב אשי מנו יומי ומנו שבועי אמימר מני יומי ולא מני שבועי אמר זכר למקדש הוא.

מדברי הגמרא עולה, שלדעת אמימר ספירת העומר בזמן הזה היא רק דרבנן, זכר למקדש. הנפקא מינה מכך שהספירה מדרבנן היא שמספיק למנות את הימים ולא למנות את השבועות, אף שעיקר המצווה היא למנות גם ימים וגם שבועות.

אבל לדעת אביי ורבנן דבי רב אשי, צריך לספור ימים וגם שבועות, ונחלקו הראשונים האם זה אומר שלדעתם ספירת העומר בזמן הזה מן התורה? דעת הרמב"ם (תמידים ומוספים ז, כד) שאכן, שמצוות ספירת העומר גם בזמן הזה היא מן התורה, וכן היא דעת הראבי"ה (מרדכי מגילה סימן תתג). אבל רוב הראשונים (בעל המאור פסחים כח. מדפי הרי"ף; ספר החינוך, הרא"ש פסחים י, מ ועוד) כותבים, שספירת העומר בזמן הזה מדרבנן. לשיטתם נראה, שהם הבינו שהמחלוקת של אביי ורבנן דבי רב אשי נגד אמימר היא רק בשאלה אם כשחכמים תקנו את המצווה מדרבנן, הם תיקנו לספור גם שבועות או רק ימים, אבל כולם מודים שספירת העומר דרבנן.

מדוע לחשוב שספירת העומר מדרבנן? עיון בפרשת השבוע מראה, שספירת העומר נפתחת בקרבן ומסתיימת בקרבן. תחילתה בקרבן העומר הבא ביום הראשון של חול המועד פסח, וסופה בשתי הלחם הקרבים בחג השבועות. קרבן העומר מתיר את אכילת התבואה החדשה בכל מקום, ושתי הלחם מתירים את הקרבת המנחות מן התבואה החדשה. אם ספירת העומר קשורה בטבורה בעיקר בשני הקרבנות האלו, יש מקום לומר, שכשאין בית מקדש, שוב אין ספירת העומר מן התורה.

אלא שקו מחשבה זה מוביל לתהייה: אם חג השבועות קשור לקרבן שתי הלחם, מדוע חג השבועות נוהג בזמן הזה מן התורה?

הרמב"ן (ויקרא כג, לו) מתייחס לשאלה מדוע חג השבועות מכונה בפסוק 'עצרת':

עצרת היא – עצרתי אתכם לפני, כשר שזימן את בניו לסעודה לכך וכך ימים, כיון שהגיע זמנן ליפטר אמר בבקשה מכם עכבו עמי עוד יום אחד שקשה עלי פרידתכם, לשון רש"י, ודברי אגדה הם בויקרא רבה.

…וצוה בחג המצות שבעה ימים בקדושה לפניהם ולאחריהם כי כולם קדושים ובתוכם ה', ומנה ממנו תשעה וארבעים יום שבעה שבועות כימי עולם, וקדש יום שמיני כשמיני של חג, והימים הספורים בינתים כחולו של מועד בין הראשון והשמיני בחג, והוא יום מתן תורה שהראם בו את אשו הגדולה ודבריו שמעו מתוך האש. ולכך יקראו רבותינו ז"ל בכל מקום חג השבועות עצרת, כי הוא כיום שמיני של חג שקראו הכתוב כן…

הרמב"ן אומר, שבעצם אין שלושה רגלים, יש רק שנים. יש לנו את סוכות בן שמונת הימים, וגם חג הפסח נמשך שמונה ימים. שבעה ימים בפסח, ועוד יום שמיני, שהורחק אל תום הספירה. ועל כן הוא מציין גם, שהימים שביניתים, ימי הספירה הם 'כחולו של מועד בין הראשון והשמיני בחג'.

 

כידוע, לשלושת הרגלים ישנם שני הקשרים בסיסיים. מחד, הרגלים קשורים למערכת החקלאית. חג האביב, חג הקציר וחג האסיף. ומאידך, יש להם קשר ליציאת מצרים, ובאופן כללי, למערכת שאינה קשורה במובהק לעונות השנה. ההקשר של הקרבנות של העומר ושתי הלחם, קשור להיותו של חג השבועות חג הקציר – ביכורי קציר חטים (שתי הלחם), המתרחש ביום החמישים לביכורי קציר השעורים (העומר). אבל שבועות קשור לפסח גם בהיותו 'היום השמיני' של פסח, כמו ששמיני עצרת הוא היום השמיני של סוכות. ומעניין לציין, שלשני ימים אלו הצמידו חז"ל מאפיינים המדגישים את ייחודיותו של עם ישראל. שמיני עצרת בא לאחר סוכות שבו מקריבים שבעים פרים כנגד שבעים אומות העולם, ושמיני עצרת הוא יום לעם ישראל, וגם חג השבועות מאופיין, במובן זה, בקשר המיוחד של הקב"ה עם עם ישראל – במתן תורה.

אם כן, לדעת רוב הראשונים, שספירת העומר מדרבנן, יוצא שמבחינת הפן הרוחני והלא חקלאי, שבועות היה יכול לצאת מיד אחרי פסח, כמו שמיני עצרת אחרי סוכות. אלא, שהתורה 'הצמידה' את חג השבועות לזמן קציר החטים. ועל כן, ספירת העומר, שממוקדת בקרבן ובפן החקלאי, אינה מהתורה בזמן הזה. אבל עצם חג השבועות יכול להיות מהתורה גם בזמן הזה.