ימי ספירת העומר כוללים שני רכיבים שהם קצת הפוכים. הרמב"ן (ויקרא כג, לו) שקדושת ימי הספירה כימי חול המועד:
וציוה בחג המצות שבעה ימים, ומנה ממנו תשעה וארבעים יום שבעה שבועות כימי עולם, וקדש יום שמיני כשמיני של חג, והימים הספורים בינתים כחולו של מועד בין הראשון והשמיני בחג, ולכך יקראו רבותינו ז"ל בכל מקום חג השבועות עצרת, כי הוא כיום שמיני של חג שקראו הכתוב כן.
מאידך, ימי הספירה הם ימים של דין במהותם כמו שציינו במשנה מסכת עדויות פרק ב משנה י:
משפט רשעים בגיהינום שנים עשר חדש שנאמר: "והיה מדי חדש בחדשו" רבי יוחנן בן נורי אומר: מן הפסח ועד העצרת שנאמר "ומדי שבת בשבתו".
חלק מהראשונים כותבים, שהסיבה שתלמידי רבי עקיבא מתו דווקא בימים אלו, קשורה להיות הימים האלו ימי דין. כך למשל כותב שבלי הלקט (סדר פסח סימן רלה):
וכן יש נוהגין שלא לישא נשים בין פסח לעצרת לפי שהימים עלולין הן שנפלה מגפה בתלמידי ר"ע.
מנהגי האבלות הנזכרים בספירת העומר הם שלא להתחתן, שלא להסתפר, ולא לעשות 'ריקודים ומחולות'.
שהחיינו – אין בעיה לברך שהחיינו בימים אלו, כיוון שהם ימי שמחה, בשונה ממה שקורה בשלושת השבועות. לכן אין בעיה בקניית בגדים וכלים חדשים.
גילוח – לגבי מי שמתגלח בכל יום, ואם לא יתגלח בספירת העומר יראה מנוול, ישנם שלושה מנהגים בספירת העומר, כמו בשלושת השבועות: יש כאלו שלא מתגלחים כל ימי הספירה עד לג בעומר, יש שמתגלחים לכבוד שבת, ויש שמתגלחים בכל יום. ויעשה כל אחד כמנהגו.
האזנה למוסיקה – מלבד מוסיקה שמחה במיוחד, אין איסור.
מותר גם לקיים חוג אירובי, למרות שיש שם גם מוסיקה (פניני הלכה זמנים ג, ח).
אירועים – מותר לחגוג בר מצווה או בת מצווה במהלך ספירת העומר. אם היא נערכת ביום הגעת הנער או הנערה לגיל מצוות, מותר גם להביא נגנים. (פניני הלכה שם סעיף ט).
צריך לזכור שעיקר הסיבה לאבלות היא לזכר תלמידי רבי עקיבא שלא נהגו כבוד זה בזה. לכן, עיקר התיקון הוא בהידור לנהוג כבוד זה בזה.
בדור שלנו, לנהוג כבוד באחר פירושו לא לבטל את דעתו ולא לזלזל בדבריו רק בגלל שהם שונים מדעתנו וממה שאנו רגילים.