המשנה בתחילת פרק שנים עשר במנחות (ק:) אומרת:
המנחות והנסכים שנטמאו עד שלא קדשו בכלי, יש להם פדיון. משקדשו בכלי, אין להם פדיון.
ובגמרא שם מסביר שמואל מה השתנה בקידוש בכלי:
מאי טעמא – כמה דלא קדשי בכלי קדושת דמים נינהו, וקדושת דמים נפדים.
מכאן עולה אבחנה עקרונית בין שני סוגי קדושות של בית המקדש – קדושת דמים, וקדושת הגוף. חפץ שקדושתו היא רק קדושת דמים, ניתן לפדות אותו. אבל חפץ שנתקדש בקדושת הגוף, כעקרון, אי אפשר לפדות אותו.
היכולת לפדות היא רק אחד המאפיינים של ההבדל בין מה שנתקדש בקדושת דמים ומה שנתקדש בקדושת הגוף. אולם יסוד הבדל המהותי בין שני סוגי ההקדש האלו נעוץ בסוגיה במסכת בבא קמא. כאשר אדם גנב שור או שה ואז מכר אותו, הוא מתחייב לשלם תשלומי ארבעה וחמישה לבעליו. הברייתא (בבא קמא עח: – עט.) אומרת שמי שגנב והקדיש משלם תשלומי ארבעה וחמישה. ומנמקת הגמרא: "מה לי מכרו להדיוט, מה לי מכרו לשמים". כלומר, אין הבדל בין העברת הבעלות על השור לאדם אחר, ובין העברת הבעלות להקדש.
אבל בדף עו. אומרת הגמרא, שאם אדם גנב והקדיש, עדיין אינו מתחייב בתשלומי ארבעה וחמישה. ושם דוחה הגמרא את ההשוואה בין מכירת שור לאחר ובין הקדשתו:
מכרו להדיוט, מעיקרא תורא דראובן, והשתא תורא דשמעון. מכרו לשמים, מעיקרא תורא דראובן והשתא תורא דראובן.
כלומר, ההקדשה אינה משנה את העובדה שהבעלים של השור הוא עדיין המקדיש. כיצד ניישב בין שתי הסוגיות האלו?
התוספות (עט. ד"ה גנב) אומרים, שההבדל הוא בין קדשי בדק הבית ובין קדשי מזבח (מושגים קרובים, אך לא זהים למושגים של קדושת הגוף וקדושת דמים). קדשי בדק הבית נחשבים בבעלות ההקדש, ועל כך נאמר שאם גנב והקדיש משלם ארבעה וחמישה. אבל קדשי מזבח נשארים בבעלות הבעלים, שהרי כשמקריבים את הבהמה, זה נחשב קרבן של הבעלים.
כדי לחדד את ההבדל, יש להתבונן בדברי הגמרא בקידושין (ב:). הגמרא מסבירה מדוע האירוסין של התורה נקראים "קידושין" – דאסר לה אכולי עלמא, כהקדש.
התוספות (שם ד"ה דאסר) כותבים:
והרי את מקודשת לי כלומר להיות לי מקודשת לעולם בשבילי. כמו "הרי הן מקודשין לשמים – להיות לשמים".
כלומר, משמעות לשון קידושין היא לעשות את הדבר מיועד למשהו מסויים. הקדש, פירושו הפניית חפץ למסלול של קדושה.
הגר"ח (חידושים על הש"ס בבא קמא עו.) מסביר, שקדשי בדק הבית, עיקר מה שהשתנה הוא הבעלות. החפץ יצא מבעלותו של המקדיש, ועכשיו הוא בבעלות ההקדש. כיוון שהוא שייך להקדש, חלים עליו כל מיני דיני קדושה. למשל, איסור מעילה ועוד. לעומת זאת, קדשי מזבח, מה שהשתנה בעיקר זה הצד האיסורי – הבעלים ייעד את הבהמה להקרבה, וזהו הקדושה שהוא החיל עליה.
לאור הבחנה זו, נוכל להבין מעט יותר, מדוע אפשר לפדות מה שנתקדש בקדושת דמים, ואי אפשר לפדות מה שנתקדש בקדושת הגוף, אלא אם כן נטמא או נפל בו מום, בנסיבות מסויימות.
מה שנתקדש בקדושת דמים, עיקר הקשר שלו למקדש הוא הצד הממוני. וממילא, אם המקדש 'מוכר' אותו, פוקעת קדושתו. לעומת זאת, מה שנתקדש בקדושת הגוף, עיקרו הוא הייעוד להקרבה על המזבח, וממילא, כל זמן שהייעוד הזה קיים, התורה אינה מאפשרת להפקיע את קדושת הגוף.