בפשטות, טעמה של מצוות המילה מפורש בכתובים. כך אומר הקב"ה לאברהם (בראשית יז, יא): "וּנְמַלְתֶּם אֵת בְּשַׂר עָרְלַתְכֶם וְהָיָה לְאוֹת בְּרִית בֵּינִי וּבֵינֵיכֶם". המילה היא ביטוי לברית הלאומית בינינו ובין הקב"ה. זו גם הסיבה מדוע מצוות המילה מצטרפת למצוות הפסח, ואלו שתי מצוות העשה היחידות שיש עליהן כרת. כי מי שאינו מוכן להיות חלק מהברית הלאומית שלנו עם הקב"ה, נידון לכרת.
ועם זאת, עדיין ניתן לשאול מדוע הברית בינינו ובין הקב"ה נעשית דווקא דרך המילה.
ראשית יש לציין, שהעובדה שהמילה היא באבר מאבריו של האדם גורמת לכך שמדובר באות ברית שאינו סר מן האדם לעולם. כך אומרת הגמרא במנחות (מג:):
ת"ר חביבין ישראל שסיבבן הקדוש ברוך הוא במצות תפילין בראשיהן ותפילין בזרועותיהן וציצית בבגדיהן ומזוזה לפתחיהן ועליהן אמר דוד שבע ביום הללתיך על משפטי צדקך ובשעה שנכנס דוד לבית המרחץ וראה עצמו עומד ערום אמר אוי לי שאעמוד ערום בלא מצוה וכיון שנזכר במילה שבבשרו נתיישבה דעתו.
התורה נותנת לנו מגוון מצוות שמזכירות לנו את הקשר שלנו עם הקב"ה. אולם, מצוות אלו אינן מלוות אותנו בכל עת. המילה מלווה אותנו תמיד, ומזכירה לנו בכל עת שעלינו להיות עבדי ה'.
בכיוון נוסף, המילה היא מעין קרבן. כך מצינו למשל בויקרא רבה (כז, י):
אמר רבי יצחק: משפט אדם ומשפט בהמה שווים. משפט אדם – 'וביום השמיני ימול בשר ערלתו', ומשפט בהמה – '[והיה שבעת ימים תחת אמו] ומיום השמיני והלאה ירצה [לקרבן אִשה לה'].
המדרש קושר בין המילה ובין הקרבן. אולי אפשר לומר גם, שבמדרש נראה שהמילה מכשירה את האדם להיות קרבן. זהו פתח למדרש נוסף, שמסביר כיוון נוסף ביחס למילה (תנחומא פרשת תזריע אות ז):
"שאל טורנוסרופוס הרשע את רבי עקיבא: איזה מעשים נאים – של הקב"ה או של בשר ודם? אמר לו: של בשר ודם נאים. אמר לו טורנוסרופוס הרשע: הרי השמיים והארץ – יכול אתה לעשות כהם?! אמר לו רבי עקיבא: לא תאמר לי בדבר שהוא למעלה מן הבריות, שאין שולטין בהן, אלא בדברים שהן מצויין בבני אדם. אמר לו: למה אתם מולים? אמר לו: אף אני הייתי יודע שאתה עתיד לומר לי כן, לכן הקדמתי ואמרתי לך – מעשה בשר ודם הם נאים משל הקב"ה. הביאו לי שיבולים וגלוסקאות (=מיני מאפה), אמר לו: אלו מעשה הקב"ה, ואלו מעשה בשר ודם. אין אלו נאים?!
המילה היא ביטוי לאמונה היהודית העקרונית, שתפקידו של האדם הוא לשפר את הטבע, ובכך להיות ממשיכים לפעולת הבורא. בניגוד לעמים אחרים, הרואים את הטבע כמושלם, התורה אומרת לנו שהטבע חסר, והאדם הוא שמשלים את הטבע.
שישה ימים ברא הקב"ה את העולם, וביום השביעי נח. החל מהיום השמיני האדם הוא שמפתח את הבריאה. הקב"ה ברא שיבולים, והאדם עושה מהם גלוסקאות. הקב"ה ברא את האדם פגום, והאדם צריך לשפר את עצמו. כך למשל בבראשית רבה (מו, א):
'כענבים במדבר מצאתי ישראל, כביכורה בתאנה בראשיתה'… אמר ר' יודן: מה התאנה הזו אין לה פסולת אלא עוקצה בלבד, העבר אותו ובטל המום, כך אמר הקדוש ברוך הוא לאברהם: אין בך פסולת אלא הערלה, העבר אותה ובטל המום, 'התהלך לפני והיה תמים'.
אם כן, המילה היא הכשרת האדם להיות קרבן לה'. זהו רמז לכך שתפקידו של האדם הוא להיות עבד ה' כל ימיו (בדומה למה שעשתה חנה כשנתנה את שמואל לה'), וזהו רמז לאופן שבו האדם עובד את הקב"ה – בין השאר, בפיתוח העולם.
כיוון נוסף לרעיון הקרבן עולה ממדרש אחר. בילקוט שמעוני (בראשית רמז פא) נאמר:
שכל מי שהוא מגיש את בנו למילה, כאילו כהן גדול מקריב מנחתו ונסכו על גבי המזבח.
כאן המילה מתוארת כקרבן, אולם הדגש אינו על הפיכת הבן לקרבן, אלא על כך שהאב הוא זה שמקריב את בנו. העובדה שהמילה היא קרבן, מסבירה מדוע לאב יש מצווה מיוחדת בברית המילה, יותר מאשר של שאר האנשים, או האדם בעצמו.
עם זאת, כשהאב לא נמצא, חובת השותפות בברית מוטלת על הציבור כולו, ובית דין צריך למול את התינוק. נוהגים גם, שהציבור כולו עומד בזמן הברית על פי הפסוק "ויעמוד העם בברית", כי כאמור, מעבר לטעמים שהזכרנו, המילה היא לא רק מעשה של היחיד, אלא ביטוי לברית רבת הדורות שלנו עם הקב"ה. לא רק היחיד נכנס בברית, אלא כל מילת ילד חדש היא ביטוי למחוייבות שלנו כעם, לחתום את בשר בנינו באות ברית קודש, כביטוי לברית הלאומית שלנו.