בפרשת אמור נצטווינו "וְלֹא תְחַלְּלוּ אֶת שֵׁם קָדְשִׁי וְנִקְדַּשְׁתִּי בְּתוֹךְ בְּנֵי יִשְׂרָאֵל".
הטעם המוכר יותר למצווה זו הוא דברי הרמב"ם (ספר המצוות עשה ט):
והמצוה התשיעית היא שצונו לקדש השם והוא אמרו "ונקדשתי בתוך בני ישראל". וענין זאת המצוה אשר אנחנו מצווים לפרסם האמונה הזאת האמתית בעולם ושלא נפחד בהיזק שום מזיק. ואף על פי שבא עלינו מכריח גובר יבקש ממנו לכפור בו יתעלה לא נשמע ממנו אבל נמסור עצמנו למיתה ולא נתעהו לחשוב שכפרנו ואף על פי שלבנו מאמין בו יתעלה. וזאת היא מצות קדוש השם המצווים בה בני ישראל בכללם רוצה לומר מסירת נפשנו למות ביד האונס על אהבתו ית' ואמונת יחודו.
מהרמב"ם עולה, שמצוות קידוש השם נועדה לפרסם את האמונה בעולם. עיקרה של המצווה, כך נראה מהרמב"ם, נועד כלפי חוץ. מסיבה זו, אומר הרמב"ם, צריך למות על קידוש השם. אם מישהו מכריח אותי לעבור עברה, כלפי חוץ אפשר לחשוב שאני כבר לא מאמין בקב"ה. לכן, צריך להתעקש ולא לעבור עברה, אפילו במחיר החיים שלנו.
לאור דברים אלו, ניתן להבין מתי צריך לעבור ולא להיהרג, ומתי להיהרג ולא לעבור. בדרך כלל, ההלכה היא שפיקוח נפש דוחה את כל התורה. שנאמר (ויקרא יח, ה): "וּשְׁמַרְתֶּם אֶת חֻקֹּתַי וְאֶת מִשְׁפָּטַי אֲשֶׁר יַעֲשֶׂה אֹתָם הָאָדָם וָחַי בָּהֶם" – ודרשו חכמים "וחי בהם", ולא שימות בהם. כי התורה לא דורשת מאיתנו למסור את הנפש על קיום כל מצווה. אולם כאשר מדובר במצב שבו גוי דורש מיהודי לעבור עברה, ועצם הדרישה נועדה כדי שיעבור עברה, והדבר נעשה בפרהסיא, זה מצב שיגרום חילול השם, כי הגוי יחשוב שהצליח במטרתו, ושם שמים יתחלל בפרהסיא, ועל כן חייבים למסור את הנפש.
בהקשר זה מובנים גם דבריו המפורסמים של אביי במסכת יומא (פו.):
"ואהבת את ה' א-לקיך" – שיהא שם שמים מתאהב על ידך. שיהא קורא ושונה ומשמש תלמידי חכמים, ויהא משאו ומתנו בנחת עם הבריות, מה הבריות אומרות עליו? אשרי אביו שלמדו תורה אשרי רבו שלמדו תורה, אוי להם לבריות שלא למדו תורה. פלוני שלמדו תורה, ראו כמה נאים דרכיו, כמה מתוקנים מעשיו, עליו הכתוב אומר: "ויאמר לי עבדי אתה ישראל אשר בך אתפאר".
אבל מי שקורא ושונה ומשמש תלמידי חמכים ואין משאו ומתנו באמונה ואין דיבורו בנחת עם הבריות, מה הבריות אומרות עליו? אוי לו לפלוני שלמד תורה אוי לו לאביו שלמדו תורה, אוי לו לרבו שלמדו תורה. פלוני שלמד תורה ראו כמה מקולקלין מעשיו וכמה מכוערין דרכיו, ועליו הכתוב אומר: "באמור להם עם ה' אלה ומארצו יצאו".
קידוש השם וחילולו נמדדים בעיני הצופה.
אולם, ראשונים אחרים התייחסו לקידוש השם וחילולו כאל דרישה המופנית כלפי האדם, ללא קשר לנוכחות אנשים אחרים. כך למשל כותב ספר החינוך (מצווה רצו):
שורש מצוה זו ידוע, כי האדם לא נברא רק לעבוד בוראו, ומי שאינו מוסר גופו על עבודת אדוניו איננו עבד טוב. והרי בני אדם ימסרו נפשותם על אדוניהם, קל וחומר על מצות מלך מלכי המלכים הקדוש ברוך הוא.
מדבריו נראה, שקידוש השם הוא פשוט החובה למסור את הנפש כדי לקיים את המצוות. לפי הסבר זה, היינו מצפים אולי, שביחס לכל המצוות נידרש למסור את הנפש. אולם, בפועל צמצמה ההלכה את החיוב למסור את הנפש לשלוש עברות בלבד – עבודה זרה, גילוי עריות ושפיכות דמים.
יתכן ושתי הגישות האלו מסבירות מחלוקת ראשונים מפורסמת, בשאלה אם מותר למסור את הנפש על שאר המצוות. לדעת הרמב"ם (הלכות יסודי התורה ה, א), מי שמסר את נפשו על עברה שאין בה דין 'יהרג ואל יעבור' עבר עברה, והתחייב בנפשו. אולם, בין בעלי התוספות מצינו רבים שכותבים, שיש מידת חסידות במסירת הנפש גם על שאר המצוות. כך למשל כותב הסמ"ק (מצווה ג):
"'בכל נפשך' – שיחשוב עליו נפשו לכלום, שלא ימנע מעשות מצוות הבורא בשביל סכנת נפשו. ופֵרשו רבותינו: בעבודת כוכבים, גילוי עריות ושפיכות דמים יהרג ואל יעבור, ושאר מצוות בצנעא יעבור ואל יהרג אם ירצה, אבל מידת חסידות שלא לעבור…"
הסמ"ק כותב כמו הטעם השני, שמצוות קידוש השם (אם לדייק – הסמ"ק למד את הדברים ממצות אהבת ה' ולא מצוות קידוש השם) מחייבת באופן עקרוני למסור את הנפש. על כן, גם במצוות שאין חיוב גמור, ישנה מידת חסידות בכך. לעומת זאת, הרמב"ם אומר שהחובה למסור את הנפש היא לא על קיום המצוות, אלא על חילול השם, ועל כן כשאין חילול השם, אין טעם במסירת הנפש.
עוד יש לציין, שישנם מקורות רבים שתומכים בגישה של הסמ"ק וספר החינוך, ומדבריהם ברור, שבכל פעם שאדם עובר עברה, יש בזה משום חילול השם. גם הרמב"ם עצמו ציין (איגרת קידוש השם) שיש חילול השם בעצם העובדה שאדם עושה עברה להכעיס, הוא מחלל את השם. ועל כן ברור שגם הרמב"ם מודה לטעמו של הסמ"ק, וכן להפך, אלא שכל אחד מהם הדגיש חלק אחר של טעם המצווה כעיקר.