מצוות מזוזה מופיעה בשתי הפרשיות של קריאת שמע. בשתי פרשיות אלו, מצוות המזוזה היא חלק מהאופן שבו אנו מקפידים שדברי ה' יהיו בתודעתנו באופן מתמיד:

וְהָיוּ הַדְּבָרִים הָאֵלֶּה אֲשֶׁר אָנֹכִי מְצַוְּךָ הַיּוֹם עַל לְבָבֶךָ וְשִׁנַּנְתָּם לְבָנֶיךָ וְדִבַּרְתָּ בָּם – בְּשִׁבְתְּךָ בְּבֵיתֶךָ, וּבְלֶכְתְּךָ בַדֶּרֶךְ, וּבְשָׁכְבְּךָ וּבְקוּמֶךָ. וּקְשַׁרְתָּם לְאוֹת עַל יָדֶךָ וְהָיוּ לְטֹטָפֹת בֵּין עֵינֶיךָ. וּכְתַבְתָּם עַל מְזֻזוֹת בֵּיתֶךָ וּבִשְׁעָרֶיךָ.

וכך כותב הרמב"ם בסוף הלכות מזוזה (פרק ו הלכה יג):

חייב אדם להזהר במזוזה מפני שהיא חובת הכל תמיד, וכל זמן שיכנס ויצא יפגע ביחוד השם שמו של הקדוש ב"ה ויזכור אהבתו ויעור משנתו ושגיותיו בהבלי הזמן, וידע שאין דבר העומד לעולם ולעולמי עולמים אלא ידיעת צור העולם ומיד הוא חוזר לדעתו והולך בדרכי מישרים, אמרו חכמים הראשונים כל מי שיש לו תפילין בראשו ובזרועו וציצית בבגדו ומזוזה בפתחו מוחזק הוא שלא יחטא שהרי יש לו מזכירין רבים והן הם המלאכים שמצילין אותו מלחטוא שנאמר חונה מלאך ה' סביב ליראיו ויחלצם.

כיוון אחר ביחס לתפקידה של המזוזה הוא הרעיון של השמירה. כך מספר הירושלמי (פאה פרק א הלכה א):

ארטבן (מלך הפרסים, ידידו של רב) שלח לרבנו (לרב) מרגלית יקרה.
אמר לו (ארטבון לרב): שלח לי דבר טוב כמותה.
שלח לו מזוזה.
שלח ואמר לו: אני שלחתי לך דבר שאין לו שומא (=ערך) ואתה שולח לי דבר השווה פולד (מטבע קטן) אחד?
אמר לו: חפציי וחפציך לא ישוו בה, ולא עוד אלא שאתה שלחת לי דבר שאני צריך לשמור אותו, ואני שלחתי לך דבר שאתה ישן והוא שומר אותך, שנאמר (משלי י', כב): "בהתהלכך תנחה אותך, בשכבך תשמור עליך".

מדברי רב עולה, שלמזוזה יש תפקיד של שמירה. על מי ועל מה שומרת המזוזה?

אולי אפשר לומר, שהמזוזה שומרת על הנמצאים בבית. רמז לתפקיד זה אולי אפשר למצוא כבר בפסח מצרים, שבו הדם על המזוזות נועד כדי שהמשחית לא יכנס לנגוף בבתי בני ישראל. כך כותב גם רש"י במסכת מנחות (לב: ד"ה סכנה), שהמזוזה שומרת על יושבי הבית מן המזיקים.

אולם, יתכן שניתן ללכת גם בדרך אחרת. הרמ"א (יורה דעה סימן רפה סעיף ב) כותב:

יש אומרים, כשאדם יוצא מן הבית יניח ידו על המזוזה ויאמר: ה' ישמר צאתי וכו'. וכן כשיכנס אדם לבית, יניח ידו על המזוזה.

על פי דברי הרמ"א, המזוזה שומרת על האדם בין בכניסתו ובין ביציאתו. המזוזה אינה מגן לבית, אלא מגן לאדם, וכן נראה מדברי הרמב"ם שהוזכרו לעיל, שהמזוזה, יחד עם התפילין והציצית מגינות על האדם.

השאלה על מי שומרת המזוזה קשורה אולי גם לפן נוסף, והוא השאלה כיצד שומרת המזוזה. רש"י והראבי"ה מביאים בסידוריהם (סידור רש"י סימן תנ"ה, ראבי"ה סימן אלף ק"נ) שנוהגים להוסיף עוד שמות לשמירה על המזוזה. ישנו מנהג להוסיף בסוף השורה הראשונה של המזוזה (ליד המילה הדברים) את שמו של המלאך מיכאל, בשורה השניה גבריאל וכן הלאה.  מנהג מקובל יותר הוא לכתוב את השם 'ש-די' על המזוזה מבחוץ. יש שטענו שבשם זה רמוזה ההגנה של המזוזה בבחינת שומר דלתות ישראל.

לעומת זאת, הרמב"ם (הלכות מזוזה פרק ה הלכה ד) התנגד בחריפות להוספת השמות:

מנהג פשוט שכותבים על המזוזה מבחוץ כנגד הרווח שבין פרשה לפרשה "ש-די", ואין בזה הפסד לפי שהוא מבחוץ, אבל אלו שכותבין מבפנים שמות המלאכים או שמות קדושים או פסוק או חותמות הרי הן בכלל מי שאין להם חלק לעולם הבא. שאלו הטפשים לא די להם שבטלו המצוה אלא שעשו מצוה גדולה שהיא יחוד השם של הקדוש ברוך הוא ואהבתו ועבודתו כאילו הוא קמיע של הנאת עצמן כמו שעלה על לבם הסכל שזהו דבר המהנה בהבלי העולם.

הרמב"ם כותב, שהמזוזה אינה שומרת בתור קמיע. המזוזה שומרת בגלל שהיא תזכורת לאדם להאמין בקב"ה, וכשהאדם מאמין, ממילא הקב"ה שומר עליו. דברי הרמב"ם כאן הם חלק משיטתו הכללית, שהתורה אינה מכילה 'מאגיה' – אין עיסוק בחפצים בעלי כוחות קסם או קדושה, שמרחיקים את המזיקים. התורה מכוונת את האדם להאמין בקב"ה ולעבוד אותו, כאשר השכר על עבודת ה' הוא בין השאר, השמירה מן המזיקים.